Obejmuje szeroki okres ostatnich pięciu stuleci i składają się na nią eksponaty, które tylko w stopniu akcydentalnym reprezentują poszczególne okresy. Najwięcej obiektów pochodzi z doby baroku. Kolekcja jest stale uzupełniana. Wiek XIX i XX są reprezentowane symbolicznie. Ostatnio Muzeum zostało ubogacone przez donacje J.E. Biskupa Pelplińskiego w postaci dużej kolekcji medali pamiątkowych z okresu jego dotychczasowych rządów w diecezji. Powiększyliśmy w ten sposób zbiór pozostawiony przez J. E. Arcybiskupa Mariana Przykuckiego. Zbiory te są stopniowo opracowywane i okresowo prezentowane w  muzeum.