Początki zbiorów muzealnych diecezji chełmińskiej wiążą się nierozłącznie z pałacem biskupim, a szczególnie z osobą śp. ks. biskupa Stanisława Wojciecha Okoniewskiego, który w październiku 1925 r. mianowany został koadiutorem ówczesnego 81-letniego bpa Augustyna Rosentretera, a po jego śmierci objął rządy diecezji 4 X 1926 r.
Pierwszy po 120 latach biskup – Polak na stolicy chełmińskiej przeszedł do historii diecezji jako jej reorganizator we wszystkich dziedzinach życia kościelnego, społecznego i kulturalnego. Cechowało go m.in. twórcze umiłowanie sztuki, której był i wybitnym znawcą i troskliwym opiekunem i hojnym mecenasem. Pierwszym dziełem biskupiego mecenatu była przebudowa i rozbudowa pałacu istniejącego od 1818 roku, wzniesionego przez rząd pruski z czerwonej cegły w formie dużego bezstylowego gmachu. Zamieniono go na wspaniałą rezydencję w stylu neoklasycznym według projektu poznańskiego architekta Stefana Cybichowskiego, przy współpracy artysty malarza, prof. Henryka Nostitz – Jackowskiego, malarza i konserwatoraStanisława Smoguleckiego z Poznania oraz rzeźbiarza Wojciecha Durka.
Na temat wystroju wnętrza starego pałacu nie posiadamy już bliższych wiadomości. Wiadomo jedynie, że w dużej sali jadalnej znajdowało się kilkanaście namalowanych z wyobraźni portretów biskupów chełmińskich. W związku z przebudową pałacu przeniesiono je do zakrystii katedralnej, z której zabrano do nowej galerii autentyczne XVII -wieczne portrety biskupów: Wojciecha Leskiego, Karola Jana Hohenzollerna i Franciszka Ksawerego Rydzyńskiego. Z zachowanej odręcznej notatki śp. ks. infułata Franciszka Sawickiego — ale bez bliższych danych — wiadomo, że księżniczka Maria Hohenzollern – Hechingen podarowała do pałacu 4 obrazy, a mianowicie: starą kopię archanioła Gabriela z obrazu Zwiastowania N.M.P. Rogera v. d. Weyden, oryginał obrazu Rafaela „Czytająca Madonna”, „Chrystus w cierniowej koronie” Roselliego i „Maria Magdalena” — rysunek kredkowy. Były one niewątpliwie ozdobą którejś z komnat pałacu, nie stanowiąc jednak początku zbiorów w sensie ekspozycji muzealnej.
W rozplanowaniu wnętrza nowej rezydencji uwzględniono powzięty już z góry zamiar biskupa dostosowania poszczególnych pomieszczeń dla przyszłej nowej galerii portretów oraz ekspozycji zabytkowych arcydzieł sztuki sakralnej. Biskup podczas wizytacji parafii, zwracał baczną uwagę na obiekty wyróżniające się pięknem i zabytkową wartością, także na ich stan zachowania, względnie zaniedbania, chcąc ratować je od zniszczenia.
Już z końcem 1926 roku zarządził opracowanie inwentarza cenniejszych zabytków sztuki, znajdujących się w kościołach całej diecezji, i to w związku z wydaniem Zarysu historyczno-statystycznego pt. Diecezja Chełmińska, opracowanego przez zespół wybitnych księży-historyków : P. Czaplewskicgo, R. Frydrychowicza, T. Glemmy, A. Mańkowskiego i P. Pańskiego. Dzieło to, wydane w Pelplinie w 1928 r. różni się od poprzedniego z 1904 r. m.in. tym, że oprócz historii parafii i kościoła, dodano dwie nowe pozycje poświecone ważniejszym zabytkom i archiwaliom parafialnym.
Okazało się naocznie, jak olbrzymie i bezcenne są w naszych kościołach skarby „dziedzictwa artystycznego”, owego ,patrimonium artisticum Ecclesiae” według słów papieża Piusa Xl w „Litterae circulares” z 15 IV 1913 r., skierowanych do bpów ordynariuszy całego świata. „To historyczno – artystyczne dziedzictwo trzeba ratować i chronić – powiedział papież – aby przekazać je w całości następnym pokoleniom jako spuściznę minionych wieków, jako wymowne świadectwo kulturalnej działalności Kościoła, głębokiej wiary i żywej pobożności przodków, ich duchowej kultury i umiłowanie piękna…”. Ponadto wezwał papież biskupów, aby z okazji wizytacji zwracali baczną uwagę na zabytkowe dzieła sztuki, otaczali je opieką, chronili przed zniszczeniem czy utratą, aby organizowali muzea diecezjalne, gromadząc w nich dzieła sztuki wycofane z kultu, względnie mogące nadal służyć kultowi, ale niedostatecznie zabezpieczone….
Te i podobne zarządzenia Stolicy Apostolskiej przyświecały bpowi Okoniewskiemu w jego działalności w dziedzinie ochrony zabytków. Wzorując się na istniejących wówczas w Polsce muzeach diecezjalnych, założył w 1928 r. muzeum, gromadząc w pomieszczeniach pałacu wytypowane przez siebie zabytki, nad którymi stałą pieczę konserwatorską zlecił Stanisławowi Smoguleckiemu.
Odtąd zaczął „zaludniać się” pałac rzeźbionymi i malowanymi przed wiekami świętymi postaciami, bogacąc zbiory coraz cenniejszymi eksponatami. Były wśród nich takie arcydzieła malarstwa, jak XIV-wieczne „Ukrzyżowanie z Lignów”, czy XV – wieczne obrazy pasyjne z toruńskiej bazyliki św. Jana, a wśród rzeźb wspaniały „Chrystus Ukrzyżowany” ze Starogardu Gd., czy „Chrystus z Koronacji N.M.P.” z Torunia także z XIV wieku — wypożyczone w 1935 r. do Warszawy na wystawę „Polska sztuka gotycka”. Uwzględnił je też dyrektor Lorentz w swoim Przewodniku po muzeach i zbiorach w Polsce, wspominając równocześnie, że kiedy powiększyła się ilość eksponatów, nie starczyło już miejsca w pałacu. I rzeczywiście trzeba było niektóre obiekty magazynować w jego suterenach. Kiedy wiec ukończono odbudowępokrzyżackiego zamku w Bierzgłowie, przekazanego na rzecz diecezji chełmińskiej przez ówczesne władze państwowe, wykorzystano wspaniale urządzone sale, tworząc w nich filie muzeum diecezjalnego.
Bp Okoniewski nosił się też z zamiarem wybudowania osobnego gmachu dla muzeum diecezjalnego, jednakże realizowane równocześnie tak poważne inwestycje, jak modernizacja i rozbudowa gimnazjum biskupiego „Collegium Marianum”, rozbudowa Wyższego Seminarium Duchownego, odbudowa zamku bierzgłowskiego, a w 1958 r. rozpoczęta budowa Diecezjalnego Domu Społecznego, nadwyrężyły zasoby finansowe. Decydującą jednak przeszkodą byłwybuch II wojny światowej, która nie tylko unicestwiła budowę zaprojektowanego już muzeum, ale spowodowała niepowetowane straty w istniejących zbiorach, pomimo wysiłków zmierzających do zabezpieczenia ich przed niebezpieczeństwem zniszczenia i grabieży. Stosownie do zarządzenia ówczesnych władz państwowych, także diecezja chełmińska włączyła się do ogólnokrajowej akcji zabezpieczenia najcenniejszych zbiorów. Władze centralne zalecały wywieźć je w głąb Polski względnie zabezpieczyć na miejscu przez zamurowanie, zakopanie lub przechowanie w domach zaufanych ludzi.
Niełatwo było biskupowi Okoniewskiemu, jako ordynariuszowi diecezji, powziąć ostateczną decyzję, biorąc na siebie odpowiedzialność za ewentualną stratę najcenniejszych zabytków, tym bardziej, że napotkał na sprzeciwy, wysuwane w czasie narady w Kurii Biskupiej. Dopiero po uzyskaniu zapewnienia ze strony wojewody pomorskiego W. Raczkiewicza oraz dowódcy O.K. generała Karasiewicz – Tokarskiego co do gwarancji bezpieczeństwa depozytów „na prawach MOB”, biskup zwołał do Pelplina wszystkich księży dziekanów na specjalną konferencję.
Z pałacu wywieziono w dwóch wagonach 13 olbrzymich skrzyń z obrazami i rzeźbami, do których dołączono jeszcze dwie skrzynie z najcenniejszymi naczyniami liturgicznymi ze skarbca katedralnego oraz trzy skrzynie z najstarszymi archiwaliami. Wysłano je do Torunia, gdzie zaopiekowało się nimi wojsko, umieszczając je w suterenach baonu balonowego. Stanowić to miało w nomenklaturze wojskowej „pierwszy etap ewakuacyjny”, skąd, w razie zagrożenia, miały być wywiezione w pierwszej kolejności w głąb kraju. Okazało się, że w chwili wybuchu wojny, wobec zaskoczenia i ogólnego zamieszania, ani wojsko ani inne władze nie miały żadnych możliwości ewakuowania powierzonych sobie skarbów. Tymczasem gdańskie komando Sicherheitsdienstu, które po zajęciu Pelplina przejęło pełną dokumentację zabytków, miało ułatwione zadanie zawładnięcia całym depozytem.
Niezmiernie ciekawe są dalsze losy tych skarbów. Tu wspomnę jedynie, że cały depozyt wywieziono do Berlina, gdzie na polecenie samego Hitlera z 5 lutego 1940 r. umieszczony został w Kaiser Friedrichs – Museum. Stamtąd, po kilkumiesięcznej wystawie, jako „pomnik niemieckiej kultury” przekazano je do Muzeum Miejskiego w Gdańsku. Zachowało się pismo prof. Drosta do burmistrza Pelplina z 2 lipca 1941 r., że „całość pelplińskich skarbów pozostanie zabezpieczona w muzeum gdańskim na czas wojny, a po jej zakończeniu wróci znowu do Pelplina”.
Kiedy Gdańsk czuł się zagrożony przez zbliżające się wojska radzieckie, eksponaty pelplińskie razem z gdańskimi zabytkami muzealnymi i kościelnymi wywieziono do różnych miejscowości na Nizinach Gdańskich oraz do odleglejszych powiatów na Kaszubach w celu przechowania ich i to głównie w kościołach. Część z nich bezpowrotnie przepadła, a spośród odnalezionych niektóre nie wróciły jak dotąd do Pelplina pomimo uznawanej powszechnie zasady prawnej „res clamat ad dominum”, która to zasada przyświecała powojennej akcji rewindykacyjnej. Bez trudności wracały do Pelplina obiekty ukryte w kościołach, a także i te, które po odnalezieniu zabezpieczono w magazynach Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków, którym wówczas był pochodzący z Wilna profesor Politechniki Gdańskiej Jan Borowski. Na największe trudności napotykała rewindykacja od muzeów, które różnymi sposobami wcielały nie swoje eksponaty do własnych zbiorów i do dziś je przetrzymują, pomimo powtarzanych co pewien czas reklamacji.
Po wojnie nowy ordynariusz diecezji śp. ks. bp Kazimierz Józef Kowalski zaczął także, wzorem swego poprzednika, gromadzić w pałacu dalsze eksponaty. Dostarczane one były przez parafie w wyniku poleceń powizytacyjnych, napływały także dzięki różnym zapisom i darowiznom. W ten sposób zbiory wzbogaciły się jakościowo i ilościowo, dochodząc do liczby kilkuset eksponatów. Wobec niemożliwości rozmieszczenia ich w pałacu gdzie nawet strych adaptowano na magazyn dla mniej cennych nabytków, poważną ilość rozlokowano w gmachu Seminarium Duchownego, w budynku Kancelarii Biskupiej, w kanonii Konserwatora Diecezjalnego i w skarbcu katedralnym.
Ponieważ nie wszystkie te pomieszczenia odpowiadały wymaganym warunkom, ks. biskup osobnym dekretem z 14 sierpnia 1961 r. przeznaczył dla „zbiorów rzeźb, obrazów, paramentów, argenterii… cały parter Collegium Marianum w jego części zabytkowej wzdłuż krużganku zachodniego, stanowiącego całość architektoniczną poklasztornej zabudowy katedry. Poszczególne sale należy odpowiednio adaptować, zapewniając możliwie najkorzystniejsze warunki dla przechowywania i ekspozycji w/w obiektów; jedną zaś salę przeznaczyć na pracownię naukową, a refektarz na magazyn i pracownię konserwatorską.
Tego planu nie można było jednak zrealizować, ponieważ Kuratorium Okręgu Szkolnego w Gdańsku, po bezprawnym zlikwidowaniu Niższego Seminarium Duchownego w 1961 r., gmach ten zabrało, a Wojewódzki Wydział Opieki Społecznej urządził w nim Zakład dla upośledzonej, niedorozwiniętej młodzieży. Wszelkie protesty i interwencje w Ministerstwach, Generalnej Prokuraturze i Radzie Państwa okazały się bezskuteczne wobec samowolnej decyzji ówczesnego wojewody gdańskiego Piotra Stolarka. On to zagroził wojewódzkiemu konserwatorowi zabytków zwolnieniem ze stanowiska, gdyby „odważył się” wystąpić w obronie zabytku. Wyrazem tego rodzaju nadużycia władzy było m.in. „orzeczenie” konserwatora, wydane oczywiście pod presją (pismo z 1 IX 1961 r.) zaprzeczające istnieniu od 1918 r. Muzeum Diecezjalnego w Pelplinie pomimo, że figurowało ono w fachowej literaturze i urzędowych wykazach.
W takim stanie rzeczy zbiory muzeum trwały w rozproszeniu, wobec czego słusznie napisał dyr. Lorentz w 1971 r. że „Z braku lokalu nie mają na razie charakteru muzealnego”. Nieznaczna poprawa nastąpiła w 1971 r. kiedy do nowo odbudowanego budynku Kancelarii Biskupiej przeniesiono zbiory Archiwum Diecezjalnego i Kapitulnego, które od czasu zakończenia wojny przechowywano w dawnym kapitularzu przyległym do katedry, we wschodnim krużganku, gdzie z uwagi na niewłaściwy dla pergaminów i papieru mikroklimat, narażone były na postępujący proces niszczenia. Wówczas ks. bp Kazimierz Józef Kowalski zaakceptował przeznaczenie kapitularza na urządzenie w nim działu rzeźby Muzeum Diecezjalnego. Po gruntownym remoncie i troskliwym zabezpieczeniu kratami okien i wejścia oraz odpowiedniej adaptacji, przeniesiono do niego w 1971 r. prawie wszystkie rzeźby z pałacu i innych pomieszczeń. Wybrane spośród bogatego zbioru rzeźby średniowieczne stanowiły pierwszą ekspozycję tutejszego Muzeum, przygotowaną z okazji wyżej wspomnianego sympozjum”.
To też z konieczności nawiązano do zamiaru bpa Okoniewskiego wybudowania osobnego gmachu, tym bardziej że i zabytkowe zbiory archiwalne i liczące setki tomów manuskrypty i prawie tysiąc pozycji inkunabułów wymagają odpowiedniego pomieszczenia zgodnego z przepisami o ochronie dóbr kultury. Wobec pewnych rozbieżności w podjęciu decyzji opatrznościowym wprost okazało się zarządzenie Stolicy Apostolskiej zawarte w „Piśmie Okólnym” do Przewodniczących Konferencji Episkopatu w sprawie troski o zachowanie historyczno – artystycznego dziedzictwa Kościoła (z 11 kwietnia 1971 r.), w którym w nawiązaniu do wspomnianych „Litterae Circulares” papieża Piusa XI, zaleca się umieszczanie dzieł sztuki wycofanych z kultu Bożego w „muzeum diecezjalnym albo między diecezjalnym, do którego mają dostęp wszyscy zwiedzający”. W ślad za powyższym zarządzeniem Konferencja Episkopatu Polski uchwaliła 25 I 1973 „Normy postępowania w sprawie sztuki kościelnej”, a 18 XI 1976 r. Statut Muzeum Diecezjalnego, w myśl którego „każda diecezja, o ile możliwości posiadać winna własne muzeum diecezjalne, które eryguje Ordynariusz diecezji, utrzymuje je i sprawuje nad nim nadzór” (rozdz. l p. I). Toteż jeszcze w roku 1976, w dniu 3 grudnia Kuria Biskupia wniosła do Urzędu Wojewódzkiego o włączenie do planu inwestycyjnego budowy archiwum i muzeum, na co 5.VII.1977 r. otrzymała decyzję pozytywną.
Po pokonaniu przeróżnych trudności związanych z lokalizacją, opracowaniem projektów i ich zatwierdzeniem, co trwało prawie trzy lata, rozpoczęto budowę wpierw budynku gospodarczego z garażami i magazynami 16 VI 1980 r., części mieszkalnej i archiwum 7 X tegoż roku, a gmach muzeum 24 VIII 1981r.
Z wdzięcznym uznaniem stwierdzić trzeba, że pomimo różnych trudności, znanych powszechnie w ówczesnej rzeczywistości, sprawnie i w stosunkowo krótkim czasie doprowadzono potężną, imponującą rozmiarami budowlę do pomyślnego końca.
Co było marzeniem i gorącym pragnieniem bpa Okoniewskiego, przybrało realne kształty. Pomyślnej realizacji tego historycznego dzieła patronował z wielką troskliwością ówczesny Ks. Biskup Ordynariusz, który już 25 I 1982 r. mianował dyrektorem Muzeum ks. dra Romana Ciecholewskiego, zlecając mu jeszcze w toku jego realizacji „scalenie rozproszonych zbiorów i pełną ich inwentaryzację”. Dzięki muzeum bezcenne skarby naszej diecezji znalazły bezpieczne schronienie i należną opiekę we własnym gmachu, by mogły cieszyć swym pięknem oczy zwiedzających i bogacić wiedzę o wspaniałych dziejach patrimonium artisticum Ecclesiae Culmensis – dziedzictwa artystycznego Kościoła Chełmińskiego i Pelplińskiego.